Az innovációs járulék kötelezettség tekintetében fennállnak azok az adózás rendjének megfelelő eljárási kötelezettségek, amelyek más adó- és járuléknemeknél is fennállnak. Ilyenek az adóelőleg- és adó-megállapítással, adóelőleg- és adóbevallással, adóelőleg- és adóbefizetéssel, adó-visszaigényléssel, adóellenőrzéssel összefüggő kötelezettségek.